Il conserve l’une des plus riches collections des musées de province pour les XVIe et XVIIe siècles italien, français, flamand et hollandais (Cosme Tura, Le Pérugin, Véronèse, Le Tintoret, Le Guerchin, Giordano, Poussin, Champaigne, Rubens, Ruysdael...).
Le XVIIIe siècle est représenté à travers des portraitistes et des paysagistes français et italiens (Rigaud, Tournières, Boucher, Lancret, Tiepolo...) tandis que le XIXe siècle se dévoile autour des peintres romantiques et réalistes ou encore les paysagistes de Barbizon. La Normandie comme lieu d’inspiration est également présente grâce à Monet, Boudin, Lebourg puis, au delà de l’impressionnisme, Vuillard, Bonnard, Van Dongen, Dufy...
Le XXe siècle s’ouvre sur le cubisme français tandis que la période contemporaine se déploie autour de grands thèmes tels l’allégorie, l’espace et la lumière (Balthus, Joan Mitchell, Vieira da Silva, Rebeyrolle, Debré, Pincemin, Sicilia, Neumann, Barcelo, Bioulès...).
Le cabinet des estampes renferme l’une des plus riches collections d’Europe, le Fonds Mancel, qui regroupe plus de 50 000 estampes présentées dans le cadre d’expositions temporaires (Callot, Dürer, Rembrandt, Tiepolo, Piranèse...).

Fort de 6 000 m² d'espaces publics grâce à sa rénovation achevée en 1994, le musée présente l'ensemble de ses collections dans un parcours muséographique original qui associe salles monumentales, cabinets et galeries. Il a obtenu, au titre de son architecture et de son programme, le Grand Prix National des Musées décerné par le ministère de la Culture en 1995.

Le musée des Beaux-Arts propose en moyenne 7 expositions temporaires par an, alternant art ancien et peinture ou estampe contemporaine, ainsi que de nombreuses manifestations et activités tous publics.
Il dispose également d'une bibliothèque d'histoire de l'art ouverte au public et d'un fonds de livres précieux, d'une librairie-boutique RMN proposant livres, cadeaux et bijoux des musées de France et, enfin, d'un espace de détente, à la fois café et restaurant, le Café Mancel.

Le musée des Beaux-Arts de Caen fait partie des premiers musées dont les collections permanentes sont gratuites pour tous.
Sa programmation culturelle, attachée à la confrontation des disciplines artistiques dans une vision globale de l'art, s'associe régulièrement les mondes du livre, de la musique, du théâtre et de la danse, du cinéma et de la photographie, proposant une palette de manifestations, d'ateliers, de rencontres, de conférences, de projections, de spectacles et de concerts adaptés à ses programmes et à l'actualité tant locale que nationale.

Les collections du musée :

XVe-XVIe siècles italiens
XVe - XVIe siècles flamands
XVIe siècle italien
XVIIe siècle italien
XVIIe siècle français
XVIIe siècle flamand
XVIIe siècle hollandais
XVIIIe siècle français
XIXe siècle
XXe siècle